Technologia Oxford Nanopore

Technologia Oxford Nanopore: optymalizacja enzymów oraz analizy danych genomicznych pod kątem zastosowań komercyjnych

red. Michał Wroński

Celem projektu jest doprowadzenie do postaci umożliwiającej potencjalną komercjalizację badań podstawowych i przemysłowych dotyczących technologii sekwencjonowania 4. generacji - Oxford Nanopore na PRz. Technologia ta jest innowacyjnym rozwiązaniem w zakresie analizy białek i ich mutacji posiadającym wiele praktycznych zastosowań w obszarze: szybkiej identyfikacji patogenów, monitorowania wirusów, analizy stanu środowiska, monitorowania stanu żywności, analizy odporności na antybiotyki, badań mutacji genetycznych prowadzących do raka. Szczególnie użyteczne jest tu rozwiązanie MinION pozwalające na sekwencjonowanie białek poprzez mobilne urządzenie USB. W ramach projektu przewidziane są badania podstawowe bazujące na seriach eksperymentów dotyczące optymalizacji przemysłowej enzymów wytwarzanych przez bakterie z rodzaju Bacillus (proteazy, amylazy, lipazy, chitynazy, pektynazy, jak również związki o działaniu bakteriobójczym i przeciwgrzybicznym).

 

W czasie realizacji projektu zostaną zebrane dane doświadczalne i posłużą one jako motywacja do sfinalizowania serwera bioinformatycznego, który docelowo będzie automatycznie przetwarzał dane z sekwenatora MinION, eliminując przy tym konieczność posiadania umiejętności bioinformatycznych przez osobę wykonującą sekwencjonowanie (np. biolog). Przygotowanie serwera wiążę się m.in. ze znaczącym rozwinięciem dotychczas opracowanego w Centrum Nowych technologii UW, rozwiązania w wersji “aplha” (Mazzocco G., Wroblewski P., Lermo M., Wolkowicz T., Plewczynski D. NanOnline: web-based service for MinION Assembly).

 

W projekcie zostaną połączone trzy obszary badawcze: biotechnologia (genetyka), bioinformatyka oraz informatyka. Wyniki prac zostaną opublikowane w dwóch artykułach (bioinformatyka, biotechnologia) zgłoszonych do czasopism z IF. Oba obszary projektu (tzn. nowe enzymy oraz serwer) mogą być w przyszłości komercjalizowane.

Nasze serwisy używają informacji zapisanych w plikach cookies. Korzystając z serwisu wyrażasz zgodę na używanie plików cookies zgodnie z aktualnymi ustawieniami przeglądarki, które możesz zmienić w dowolnej chwili. Więcej informacji odnośnie plików cookies.

Akceptuję